Dokončením už rozostavanej výrobnej haly v Malackách ako skladu bežných farmaceutických liečiv a zdravotníckeho materiálu sa mali investorovi – Správe štátnych hmotných rezerv SR – znížiť náklady o asi 3,9 milióna eur. Aj napriek tomu už v Malackách preinvestovali viac ako jedenásť miliónov eur. Na tlačovej konferencii v júli 2012 predseda SŠHR Kajetán Kičura uviedol, že sa pri projekte nezákonne vynaložilo 880- tisíc eur. Podal preto trestné oznámenie generálnej prokuratúre pre podozrenie z trestného činu porušovania povinnosti pri správe cudzieho majetku. Trestné oznámenie inicioval v auguste 2012 aj poslanec NR SR Ľubomír Galko.
Po mesiacoch sme zisťovali výsledky. „Vzhľadom na prebiehajúce vyšetrovanie sa k predmetnej záležitosti nebudeme vyjadrovať,“ reagovala na otázku hovorkyňa správy Marcela Rybanská. Redakcia teda kontaktovala priamo generálnu prokuratúru. Hovorca Krajskej prokuratúry v Bratislave, kde spis presunuli, René Vanek nám potvrdil, že v uvedenej veci bolo 31. 12. 2012 začaté trestné stíhanie pre obzvlášť závažný zločin porušovania povinností pri správe cudzieho majetku podľa ust. § 237 ods. 1 a ods. 4 písm. a) Trestného zákona. Koncom januára túto informáciu medializovala aj strana SaS, ktorej bolo doručené oznámenie Okresného riaditeľstva Policajného zboru Bratislava I o začatí trestného stíhania.
Poslanec Ľubomír Galko tiež koncom roka zverejnil informáciu, že v januári 2013 má výstavbu pandemického pavilónu preveriť aj Najvyšší kontrolný úrad SR.
„Áno, v súčasnosti prebieha kontrola, kde jedným bodov z predmetu kontroly je aj výstavba tohto pavilónu. Ide o kontrolu Správy štátnych hmotných rezerv, kde sa preveruje dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov, hospodárnosti pri nakladaní s verejnými prostriedkami a s majetkom štátu. Tiež sa preverujú postupy pri tvorbe rezerv, správnosť zostavenia záverečného účtu za rok 2012,“ reagovala Iveta Bieliková z odboru komunikácie a styku s verejnosťou NKÚ.
Podľa Bielikovej sa v rámci kontroly preveruje aj nakladanie s rozpočtovými prostriedkami pri výstavbe pavilónu na výrobu pandemickej vakcíny a všetky zmluvné vzťahy v súvislosti s prípravou výstavby a samotnej výstavby pavilónu a ich dopad na rozpočtované prostriedky použité pri príprave a výstavbe pavilónu. Kontrolu by mali ukončiť v apríli.