Organizácia sa nachádzala v strate od roku 2012 v priemere 30 tisíc eur ročne. Napriek tomu vtedajšiemu vedeniu nebránilo vyplatiť štyrom zamestnancom vrátane riaditeľa a manželky bývalého primátora, ktorý zároveň predsedal správnej rade tejto organizácie, vyše 65 tisíc eur, čo malo predstavovať desaťmesačné odstupné vysoko nad zákonný nárok. Vzápätí mala byť uzavretá zmluva s obchodnou spoločnosťou Normag, s.r.o. za odmenu 2500 € mesačne, cez ktorú mohla prepustená ekonómka s vyplateným odstupným sedieť v Inkubátore aj naďalej. Táto zmluva zostala ukrytá pred verejnosťou bez zverejnenia na webovom sídle.
Toto všetko sa malo udiať za dosluhujúceho predsedníctva správnej rady bývalého primátora mesta Jozefa Ondrejku, hoci poslanci už schválili za nového predsedu správnej rady primátora mesta Juraja Říhu, o čom musel dosluhujúci predseda správnej rady vedieť. Rozhodnutia sa mali podľa dostupných údajov podpisovať ešte v deň konania samotného zastupiteľstva. Situáciu okomentoval aj nový štatutár mesta: "Niekto si urobil z Inkubátora dojnú kravu na úkor klientov a kasička naakumulovaných ziskov z minulosti sa postupne míňala. Až sa takmer minula. Vedeli, že mojím príchodom do správnej rady nevyryžujú pri odchode, tak sa poponáhľali."
Prekvapením bol aj skončený pracovný pomer samotného riaditeľa zo zdravotných dôvodov, s ktorým bola následne uzavretá dohoda na čiastočný niekoľko hodinový úväzok za 1200 €, a to všetko bez informovania riadneho štatutára mesta.
Krátko po tom, čo poslanci schválili na návrh primátora kontrolu v tejto organizácii, sa objavili v schránkach spolu s novinami Malacko počas Veľkonočných sviatkov pamflety podpísané riaditeľom Inkubátora Valentínom Magdolenom. Ten v letáku spomína aj kauzu sprenevery v Mestskom centre sociálnych služieb a obviňuje primátora mesta z likvidácie Inkubátora. K zverejneným skutočnostiam o podivnom hospodárení a dianí v Inkubátora sa v letáku ale nevyjadruje. Nespomína ani to, že nebolo umožnené pred sviatkami začať kontrolu zo strany hlavnej kontrolórky mesta.
K včerajšiemu odvolaniu riaditeľa sa krátko vyjadril na svojej facebook stránke aj primátor mesta, ktorý zároveň informoval, že k 31. marcu končia aj ďalšie neštandardné zmluvy: "Zároveň som tým vyslal signál všetkým štatutárom v meste, že nielen zákon, ale aj morálka musí hrať prvú líniu v ich rozhodovaní."